Stasiun Yogyakarta terbagi menjadi dua emplasemen, yaitu emplasemen utara dan selatan, dan juga memiliki dua pintu masuk dan keluar. Pintu utama yang menghadap ke Jalan Margo Utomo, termasuk wilayah Kelurahan Gowongan, Kemantren Jetis, hanya untuk keberangkatan kereta api antarkota dan aglomerasi. Kereta api Fajar Utama Yogya merupakan kereta kelas bisnis yang dioperasikan oleh PT Kereta Api dengan relasi Pasar Senen - Tugu Yogyakarta. Dinamakan Fajar Utama Yogya karena kereta ini berangkat meninggalkan Jakarta ataupun Yogyakarta pada pagi hari.Kereta ini berhenti beberapa stasiun besar antara lain, Stasiun Jatinegara, Stasiun Bekasi,

PT. KAI merupakan singkatan dari Kereta Api Indonesia, yang menyediakan pelayanan transportasi publik antar kota, dengan tiga jenis kelas yaitu ekonomi, bisnis dan eksekutif. Ekonomi P adalah salah satu sub kelas di kereta api Indonesia. Yuk, kenali di sini.

Berangkat pukul 06.45, tiba di Yogyakarta pukul 15.23 (waktu tempuh 8 jam 38 menit). Rute: Pasar Senen - Haurgeulis - Cirebon - Ciledug - Ketanggungan - Bumiayu - Purwokerto - Kroya - Gombong - Kebumen - Kutoarjo - Wates - Yogyakarta. Harga Tiket: Ekonomi (S) Rp240.000,-. Ekonomi (Q) Rp260.000,-. Ekonomi (CA) Rp345.000,-KA Senja Utama YK. Berangkat pukul 19.10, tiba di Yogyakarta pukul 03.32 (waktu tempuh 8 jam 22 menit). Harga Tiket: Ekonomi (Q) Rp260.000,-Ekonomi (P) Rp280.000,-Ekonomi (C) Rp300.000,-Ekonomi (CA) Rp320.000,-KA Mataram. Berangkat pukul 21.05, tiba di Yogyakarta pukul 05.08 (waktu tempuh 8 jam 3 menit). Harga Tiket: pS7n.